一、檢查部門

高企認定主管部門：科技、財政、稅務部門，其他相關部門：環保、質量/安監、審計等部門。

二、檢查要點

科技部門

1.技術領域是否屬于管理辦法或工作指引中的領域

2.專利權屬及專利時效確認

3.主要產品（服務）收入占高新收入比例是否超過50％

4.申報前后各期數據對比及與高新年報數據對比

5.申報材料各項指標核對

三、財政部門

1.每年定期對承擔高企審計的事務所進行底稿等風險檢查，并抽選部分企業進行延伸檢查

2.會計師事務所行業協會自律檢查。

四、稅務部門

1.申報材料與稅務申報數據是否有沖突

2.高企認定稅收優惠備案檢查

3.研發費用加計扣除備案檢查

4.其他相關稅務檢查

五、環保部門

1.是否存在環評風險

2.是否存在嚴重環境違法行為

質量/安監部門    

是否存在重大質量、重大安全事故

六、審計部門

1.針對行政公職人員瀆職、受賄等違法行為的延伸檢查

2.國有企業自身的定期審計檢查

企業備查資料

（1）知識產權證書

（2）科技成果轉化證明材料

（3）研發活動證明材料

（4）研發費用明細賬及相關憑證

（5）高新收入證明材料

（6）科技人員證明材料

（7）產學研合作證明材料

（8）檢查部門要求的其他資料

高新技術企業稅收優惠資格有效期為三年，許多企業重視申報，忽視資格維持，從而帶來潛在的稅務風險。根據《高新技術企業認定管理辦法》要求，“科技部、財政部、稅務總局應建立隨機抽查和重點檢查機制，加強對各地高新技術企業認定管理工作的監督檢查。”因此，企業不僅要重視認定時資料的準備，更應當注重資格維持，為期滿后重新認定及后續可能面臨的檢查做好充分準備。