自2016年6月國家科技部、財政部、稅務總局聯合頒布新政《高新技術企業認定管理辦法》（國科發火字2016（32號）文）以來，國內各省份高新技術企業數出現激增。此現象的出現，檢查部門采取了行動，對已經成功認定的高新技術企業進行以下檢查。

一、檢查部門

高新技術企業認定主管部門：科技、財政、稅務部門，其他相關部門：環保、質量/安監、審計等部門。某省2017年*一批擬認定企業，國家環保部抽查了45家存在環評風險的企業，讓企業提交無風險證明材料。隨后國家科技部又隨機抽選40家復核，*終23家企業未通過兩部門的檢查!

二、檢查要點

1、科技部門：

（1）技術領域是否屬于管理辦法或工作指引中的領域；

（2）專利權屬及專利時效確認；

（3）主要產品（服務）收入占高新收入比例是否超過50％；

（4）申報前后各期數據對比及與高新年報數據對比。

（5）申報材料各項指標核對。

2、財政部門：

（1）每年定期對承擔高企審計的事務所進行底稿等風險檢查，并

抽選部分企業進行延伸檢查；

（2）會計師事務所行業協會自律檢查。

3、稅務部門：

（1）申報材料與稅務申報數據是否有沖突

（2）高企認定稅收優惠備案檢查；

（3）研發費用加計扣除備案檢查；

（4）其他相關稅務檢查。

4、環保部門：

（1）是否存在環評風險；

（2）是否存在嚴重環境違法行為。

5、質量/安監部門：

是否存在重大質量、重大安全事故。

6、審計部門：

（1）針對行政公職人員瀆職、受賄等違法行為的延伸檢查；

（2）國有企業自身的定期審計檢查。

三、企業備查資料

1、知識產權證書

2、科技成果轉化證明材料

3、研發活動證明材料

4、研發費用明細賬及相關憑證

5、高新收入證明材料

6、科技人員證明材料

7、產學研合作證明材料

8、檢查部門要求的其他資料