研發費用加計扣除與高新技術企業認定之間存在著這樣的辯證關系：能加計扣除的企業不一定是高新技術企業，但高新技術企業必然有研發費加計扣除項目。

由于高新企業同時享受加計扣除的優惠，兩者的歸集口徑容易就混淆了。高新技術企業的研發費用范圍一般大于研發費加計扣除的范圍。比如說折舊費，對于建筑物的折舊費不能加計扣除，而高新可以。對于經營租賃費加計扣除只允許用于研發的儀器、設備租賃費，廠房不可以加計，而高新可以。高新研發費用包括裝備調試費用，田間實施費，加計扣除不包括。高新研發費用包括通訊費，加計扣除也不包括。委托研發的，高新包括委托境內外研發，而加計扣除只能是委托境內機構或個人。其他相關費用高新規定不得超過研究開發總費用的20%，而加計扣除規定是不得超過10%。高新的研發費用口徑不包括職工福利費，補充養老和補充醫療保險，而研發費用加計扣除可以。對研發人員的定義，高新研發費用只要是企業科技人員都可歸集，加計扣除必須是直接從事研發活動的人員。不過，對科技人員，高新要求累計實際工作時間在183天以上，而加計扣除沒有這個要求。

一、研發活動及研發費用歸集范圍

1、允許加計扣除的研發費用。

企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照研究開發費用的75%加計扣除；形成無形資產的，按照無形資產成本的175%攤銷。研發費用的具體范圍包括：

1.人員人工費用。

直接從事研發活動人員的工資薪金、基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費、工傷保險費、生育保險費和住房公積金，以及外聘研發人員的勞務費用。

2.直接投入費用。

（1）研發活動直接消耗的材料、燃料和動力費用。

（2）用于中間試驗和產品試制的模具、工藝裝備開發及制造費，不構成固定資產的樣品、樣機及一般測試手段購置費，試制產品的檢驗費。

（3）用于研發活動的儀器、設備的運行維護、調整、檢驗、維修等費用，以及通過經營租賃方式租入的用于研發活動的儀器、設備租賃費。

3.折舊費用。

用于研發活動的儀器、設備的折舊費。

4.無形資產攤銷。

用于研發活動的軟件、專利權、非專利技術（包括許可證、專有技術、設計和計算方法等）的攤銷費用。

5.新產品設計費、新工藝規程制定費、新藥研制的臨床試驗費、勘探開發技術的現場試驗費。

6.其他相關費用。

與研發活動直接相關的其他費用，如技術圖書資料費、資料翻譯費、專家咨詢費、高新科技研發保險費，研發成果的檢索、分析、評議、論證、鑒定、評審、評估、驗收費用，知識產權的申請費、注冊費、代理費，差旅費、會議費等。此項費用總額不得超過可加計扣除研發費用總額的10%。

7.財政部和國家稅務總局規定的其他費用。